El nivel primario tiene su primera promoción de 7º grado en 1989. Ante esta circunstancia un grupo de padres solicita al Padre Antonio Martín García (Esteban) la creación del nivel medio para que sus hijos tengan la posibilidad de continuar sus estudios dentro del mismo ambiente de formación cristiana.

La Orden Carmelita, propietaria de esta institución educativa, compra un predio sobre la misma manzana, pero con salida a la calle Pintos.

Se instala allí el nivel medio del Colegio San Juan de la Cruz, iniciando sus actividades en marzo de 1990.

La especialidad elegida para este nivel fue la de Administración de Empresas. En 1996 se incorpora la especialidad de Ciencias Sociales.

El Nivel secundario comenzó con 2 primeros años, uno por la mañana y otro por la tarde con una matrícula de 94 alumnos. En 1994 egresa la primera promoción de Administración de Empresas. Ese año la matrícula total era de 292 alumnos.

En 1997 egresa la primera promoción de Ciencias Sociales. Ese año la matrícula total fue de 290 alumnos, sin contar al primer año, ya que desde ese año había comenzado a formar parte de la EGB como 8º año.

En 1998 egresa la primera promoción de la EGB (9º año), de acuerdo a la Reforma del Sistema Educativo Argentino según la Ley Federal de Educación Nº 24.195 y al Pacto Federal.

En 1999 nace el nivel Polimodal con una duración de 3 años, de acuerdo a la misma ley mencionada anteriormente.

En el año 2001 egresa la 1º promoción del nivel Polimodal y en el año 2011 egresa la última promoción de este nivel.

En el año 2006 se realiza otra reforma educativa, según la Ley Nacional de Educación N° 26206/06, y se incorpora el 7º grado de la EGB a la educación secundaria como 1º año. En el año 2012 egresó la 1º promoción de la escuela secundaria.

La matrícula actual del nivel secundario es de unos 500 alumnos aproximadamente.